در اواخر دهه 70 خورشیدی به منظور ایجاد یک مجموعه ای حول محور تحقیق و پژوهش در حوزه های متنوع و تخصصی در میراث فرهنگی به ابتکار مهندس بهشتی ریاست وقت سازمان میرا ث فرهنگی کشور مجموعه ای زیرنظر سازمان میراث فرهنگی کشور با عنوان اداره کل امور پایگاه های میراث فرهنگی تعریف و آغاز به کار کرد. از سعدی و فرخندگی قرعه، اولین واحد پژوهشی با این تعریف و فرمت، پایگاه میراث فرهنگی شهر تاریخی میبد بود که در سال 1378 به همت دکتر شیبانی در شهر تاریخی و باستانی میبد در استان یزد راه اندازی شد.

فلسفه شکل گیری پایگاه در اصل ایجاد یک مجموعه خارج از تشریفات و بروکراسی اداری بود که بتواند محققان جوان علاقه مند به فعالیت در حوزه میراث فرهنگی را سازماندهی و تربیت کند و در ادامه یک پشتوانه سازی علمی و پژوهشی برای مجموعه اداره کل های میراث فرهنگی هر استان باشد. از جمله مهمترین فعالیت های پایگاه های میراث فرهنگی می توان به فعالیت های میدانی در حوزه های متنوع معماری، مرمت، باستان شناسی، مردم شناسی و مبارزه با آسیب های بیولوژیک اشاره کرد. چاپ و انتشار پروژه های تحقیقاتی در قالب کتاب با چاپ مناسب، برگزاری سمینارهای علمی و تخصصی، تشکیل و برگزاری کارگاه های آموزشی تخصصی از جمله فعالیت های دیگر این مجموعه هستند.

پایگاه های میراث فرهنگی را می توان حلقه واسط میان اداره کل میراث و جامعه علمی مستقر در دانشگاه ها و مراکز تحقیقاتی دانست. روح حاکم بر آن فضایی است به منظور تولید علم و انجام روشمند و متدواره و علمی پروژه ها و کمک به پشتوانه سازی علمی در حوزه فرهنگ مادی و میراث فرهنگی.

در حال حاضر در استان یزد پایگاه های شهر تاریخی یزد، پایگاه میبد، اردکان، مهریز، ابرکوه و همچنین باغ جهانی پهلوان پور، قنات زارچ و حسن آباد فعال هستند.

از جمله آخرین خروجی های موثر و قابل اعتنا در حوزه پایگاه های میراث فرهنگی استان یزد می توان به تهیه پرونده ثبت جهانی بافت تاریخی یزد توسط این مجموعه و ارائه به سازمان یونسکو اشاره کرد، که انشاالله در سال 2017 مصوب خواهد شد.

در مجموعه حوزه پایگاه های میراث فرهنگی با توجه به ویژگی هایی چون پژوهش محوری، حاکم بودن جو علمی و مطالعات تخصصی، وجود یک فضای صمیمی برای فعالیت در مقابل فضای بروکراتیک اداری سازمان و در نهایت به عنوان یک مرکز مطالعات استراتژیک برای تعیین راهبردهای کوتاه مدت، میان مدت و بلند مدت محسوب می شود.